L'histoire de Rabat a commencé dans un endroit connu sous le nom de Chellah sur les rives de l'oued Bou Regreg au troisième siècle avant Jésus-Christ. En 40 après JC, les Romains ont pris le contrôle de Chellah et l'ont converti en colonie romaine connu sous le nom de Sala Colonia. Rome a tenu la colonie jusqu'à l'an 250 quand elle l'a abandonnée aux Al-Mohades. L'empire des Al-mohades a joué un rôle important dans l'Espagne musulmane. En 1146, l'Etat almohade sous le règne d'Abd al-Mu'min a tourné Rabat en "ribat", une forteresse pour l'utiliser comme un point de lancement pour des attaques sur l'Espagne. En 1170, à cause de son importance militaire, Rabat acquis le titre Ribatu l-Fath, qui signifie «forteresse de la victoire», d'où il tire son nom actuel.

Yacoub al-Mansour, un autre calife almohade, transfert de la capitale de son empire à Rabat. Il a construit les murs et les fortifications de la ville de Rabat: la Casbah des Oudayas et a commencé la construction sur ce qui serait en son temps la plus grande mosquée au monde. Toutefois, Yacoub meurt avant l'achèvement de sa construction. On peut voir aujourd'hui Les ruines de la mosquée inachevée avec la Tour Hassan.

L'empire almohade a perdu le contrôle de ses possessions en Espagne et d'une grande partie de son territoire africain, pour aboutir finalement à son effondrement total. Au 13e siècle, la puissance politique de Rabat est transférée à Fès. L'explorateur et historien Hassan El Ouazzan a indiqué qu'n 1515 , Rabat a diminué à tel point que seulement 100 maisons habitées subsistent. Un afflux de familles andalouses, qui avaient été expulsées de l'Espagne, au début du 17e siècle a permis de stimuler la croissance de Rabat (familles principales: Mouline [Molina], BARGACH [Vargas], Balafrej [Palafresa], Moreno, Baena, Olivares [Loubaris],. ..) et ont habité les deux rives de Bouregrag.

Rabat et Salé voisins unis pour former la République du Bouregreg en 1627. La République est gérée par les Moudjahidines (appelés Pirates de Barbarie) et ont utilisé les deux villes comme ports de base pour lancer des attaques sur les transports maritimes. Les pirates n'ont pas eu à composer avec toute autorité centrale jusqu'à ce que la dynastie Alaouite partie de Tafilelt unit le Maroc en 1666. Ils ont tenté d'établir un contrôle sur les pirates, mais sans succès. Les Européens et les autorités du Makhzen ont continué de tenter de contrôler les pirates au cours de nombreuses années, mais la République de Bouregreg ne s'est pas effondrée avant 1818. Même après l'effondrement de la république, les pirates ont continué à utiliser le port de Rabat, ce qui a causé le bombardement de la ville par l'Autriche en 1829 après la perte d'un navire autrichien suite à une attaque du "Jihad Bahri" (guerre sainte maritime).